Le pôle Métagénomique du PEPI IBIS organise une journée thématique à Dijon du 8 novembre 12h au 9 novembre 2022 14h.
Objectif
L'objectif de cette journée est d'échanger sur les méthodes d'analyse de données métagénomiques amplicon et shotgun.
Inscription
L'inscription est gratuite mais obligatoire pour des raisons d'organisation. Merci de vous inscrire via le formulaire mis à disposition.
Localisation
L'événement aura lieu à la MAISON DES SCIENCES DE L’HOMME – 6 Esplanade Erasme – BP 26611 – 21066 DIJON cedex
- Forum des savoirs
- Hall
Pour celles et ceux qui se sont inscrits pour le dîner, il aura lieu au restaurant L'épicerie et Cie, 5 place Emile Zola, 21000 Dijon à 20h30.
Programme
Mardi 8 novembre
11h-12h Accueil des participants
12h-13h Repas (Buffet)
13h-15h45 Session 1
Présentation de la journée
Quentin Carradec - Meta-omics to explore and monitor ocean ecosystems biology in a changing environment
Tom Delmont - From Tara Oceans to the genomics of novel planktonic lineages
Cédric Midoux - Implementation of a Nanopore metagenomic workflow for time-series of complex microbial communities: MAG catalog and functional annotation
15h45-16h15 Pause
16h15-18h Session 2
Philippe Ruiz - A global phylogenomic and metabolic reconstruction of the large intestine bacterial community of domesticated cattle
Sébastien Terrat - Lien entre la diversité microbienne caractérisée par métagénomique sans a priori et turnover des matières organiques dans les sols agricoles
20h Diner (restaurant)
Mercredi 9 novembre
8h30-9h00 Accueil
9h00-12h30 Session 3
Françoise Irlinger - Cartographie de la diversité microbienne des laits et des fromages AOP français et exploration des déterminants technologiques
Lucas Auer - Polymorphime de longueur des séquences ITS : impacts sur l'analyse metabarcoding et solutions pour détecter et conserver les taxons à longs ITS.
Benoit Gourtorbe - milou : un package R pour construire des profils taxonomiques issus de métabarcoding multi-marqueurs
Table-ronde et échanges autour de la métagénomique
12h30-14h00 Repas (Buffet)
Présentations invitées
Quentin Carradec - Meta-omics to explore monitor ocean ecosystems biologye in a changing environment (Genoscope, Laboratory of genomic analysis of eukaryotes)
Françoise Irlinger : « Cartographie de la diversité microbienne des laits et des fromages AOP français et exploration des déterminants technologiques (UMR SayFood, Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering research unit)
Présentations acceptées
Cédric Midoux - Implementation of a Nanopore metagenomic workflow for time-series of complex microbial communities: MAG catalog and functional annotation (INRAE, MaIAGE, Jouy-en-Josas)
Philippe Ruiz - A global phylogenomic and metabolic reconstruction of the large intestine bacterial community of domesticated cattle ( INRAE, MEDIS, Theix)
Lucas Auer - Polymorphime de longueur des séquences ITS : impacts sur l'analyse metabarcoding et solutions pour détecter et conserver les taxons à longs ITS (INRAE, UMR Interactions Arbres Microorganismes, Grand Est Nancy)
Sébastien Terrat - Lien entre la diversité microbienne caractérisée par métagénomique sans a priori et turnover des matières organiques dans les sols agricoles (INRAE, UMR Agroecologie, Dijon)
Tom Delmont - From Tara Oceans to the genomics of novel planktonic lineages (CNRS, Genoscope, Evry)
Benoit Gourtorbe - milou : un package R pour construire des profils taxonomiques issus de métabarcoding multi-marqueurs (INRAE, MaIAGE, Jouy-en-Josas et Alphabio, Marseille)
Organisation
Les déjeuners des 8 et 9 novembres et les pauses cafés sont pris en charge par le PEPI IBIS. Par contre, le diner du mardi 8, les frais d'hébergement et de transport sont à la charge des participants.
Financement
Nous remercions la DipSo qui finance cette journée.
Contact
Pour toute question, vous pouvez contacter Samuel Mondy, Sébastien Terrat et Anne-Laure Abraham.