Pour les participants à ce pôle, compte-rendus des discussions
Présentation du pôle
Le principe de ce pôle d'animation est de partager sur les techniques et approches bioinformatiques utilisées pour identifier les espèces présentes dans un écosystème donné à partir de données de séquençage métagénomique, en abordant les aspects bioinformatique et statistiques des analyses. Le pôle a été créé en 2013 pour échanger sur les méthodes amplicon (ARN 16s, ARN 18s, ITS), et depuis septembre 2017, nous l'avons élargi aux méthodes de métagénomique shotgun.
L'objectif est de mettre en commun les méthodes utilisées et d'avoir des retours d'expérience dans ce domaine.
Productions du pôle
Nous avons publié un Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding dans les cahiers des techniques de l'INRA.
Résumé
Les méthodes d’analyse métabarcoding (également appelées métagénomique ciblée ou amplicon) sont de plus en plus utilisées pour étudier la diversité des espèces présentes dans un écosystème (micro organismes, plantes, animaux). Le principe consiste à extraire l’ADN d’un échantillon environnemental puis à amplifier par PCR un fragment cible à l’aide d’un couple d’amorces prédéfini. Ces produits PCR, après ajouts de barcodes (oligonucléotides uniques pour chaque échantillon) et adaptateurs de séquençage, sont ensuite séquencés. Après le séquençage, les séquences sont triées par échantillon grâce aux barcodes puis assignées à des taxons par comparaison avec des séquences de référence. Beaucoup de méthodes et outils d’analyse ont été développés pour obtenir une vision la plus précise possible des écosystèmes étudiés. Les techniques de préparation puis d’analyse des échantillons dépendent de l’écosystème, des questions auxquelles on souhaite répondre et de la technologie de séquençage utilisée. Nous proposons des conseils issus de nos expériences, discussions et lectures bibliographiques afin de guider les lecteurs depuis la planification expérimentale jusqu’à l’analyse des données, en détaillant les points de vigilance à chaque étape.
Nous avons présenté les travaux du pôle à JOBIM 2015, au 3ème Colloque de Génomique Environnementale 2015 et aux Journées bioinformatiques de l'INRA 2016.
Résumé du Poster.
Formations
Les échanges du pôles ont favorisé la mise en place d'une formation commune sur les plateformes de Toulouse et Jouy en Josas.
Plus d'informations sur les formations de Toulouse et de Jouy en Josas
Calendrier des rencontres
2013 : 15 février, 30 mai, 24 septembre, 25 novembre
2014 : 2 avril, 10 juin, 16 octobre
2015 : 15 janvier, 16 mars, 12 juin, 10 septembre, 20 novembre
2016 : 28 janvier, 29 mars, 24 mai, 30 novembre
2017 : 3 février, 31 mars, 29 septembre, 19 décembre
2018 : 13 mars, 22 juin, 18 octobre
2019 : 15 janvier, 17 mai, 7 octobre
2020 : 16 janvier, 31 mars, 29 septembre
2021 : 24 mars, 8 juin, (journées du PEPI 16-18 novembre)
2022 : 16 mars, 17 juin (journées 8 et 9 novembre à Dijon)
2023 : 22 mai
2024 : 21 juin, 15 novembre
2025 : 28 mars, 21 mai, 26 septembre
2026: 11 mars
Contact
Pour plus de détails, vous pouvez contacter Anne-Laure Abraham ou Sébastien Terrat