2. Annotation de génomes

Annotation de génomes

Pôle d'animation autour de l'Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

Groupe PepiAnnot

Objectif

Rassembler un groupe de travail/discussion autour de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes. Avoir des retour d'expériences sur des outils d'annotation, sans attendre un bentchmark mais plus une vision d'utilisateur, avantage, inconvénient pour répondre à une question.

Périmètre dépendra des acteurs du groupe : quel objet biologique on manipule ? organismes et types de molécule (gènes codants, smallRNA, ncRNA, éléments transposable et...)

Présentation du pôle

  • Création fin 2017 avec 11 personnes suite à l'AG de juin 2017
  • Suite aux différentes actions du PEPI-IBIS plusieurs personnes ont souhaité intégrer ce pôle et en 2022 le groupe PEPIAnnot contient une quarantaine de personnes.
  • Le mode de fonctionnement consiste en une visio tous les trimestres/semestres et une participation aux animations lors des journées du PEPI-IBIS.
  • Le but de cette visio est de présenter des outils bioinfo, faire un retour d'expérience sur leur utilisation ou d'échanger sur différentes problématiques bioinfo.
  • Le format est court 1h30 max, simple, en visio et et que les personnes puissent interagir en direct.
  • Un compte rendu des réunions est disponible et visible de tous sur ce site et les présentations accessibles sur la partie restreinte (connexion LDAP).

Contact
Si vous souhaitez des informations complémentaires sur ce pôle ou intégrer ce pôle, vous pouvez contacter Véronique Brunaud, Martine Da-Rocha ou Jacques Lagnel qui animent ce groupe. Et merci à Philippe Leroy qui a animé ce groupe avec Véronique pendant 5 ans.

Réunions

Lien vers la partie restreinte au groupe

----------------------------- 2024 -------------------------------------

ODJ de la visio du 18 avril 2024 : CR

  • PEPI-Annot et GT annotation des génomes MERIT
  • Présentation  outil d'annotations Helixer par Alexandre Cormier (Ifremer)

----------------------------- 2023 -------------------------------------

ODJ de la visio du 8 décembre 2023 : CR

  • Animation du pôle, réflexions 
  • Présentation InterproScan et eggNOG-mapper  Johann Joets (IDEEV) et Véronique Brunaud (IPS2)

Participation aux journées du PEPI IBIS 14-15 sept ISC Paris 

ODJ de la visio du 3 février 2023 : CR

  • Discussion futurs thèmes et organisation des journées PEPI IBIS
  • Présentation Véronique Brunaud (équipe Genomic Networks – IPS2 Paris-Saclay): web tools PLMview sur la détection d’éléments cis-régulateurs chez les plantes

----------------------------- 2022 -------------------------------------

Participation à l'animation de la journée du 28 novembre 

  • Sur l'annotation des génomes avec 2 nouveaux pôles Text-Mining et Intelligence Artificielle
  • Le programme et les présentations sont accessibles sur le site du PEPI-IBIS ici

ODJ de la visio du 17 mai 2022 :

  • Organisation conjointe de la journée PepiAnnot,TxtM,IA sur plusieurs sites
  • Véronique Brunaud : stratégie d'assemblage de transcriptome de novo via des long et short reads

ODJ de la visio du 15 fevrier 2022 : CR

  • Nathalie Choisne Annotation des éléments transposable via REPET V3 et ses nouvelles fonctionnalités
  • Djampa Kozlowki : développement d’un outil de post-processing de REPET, REP3T-pal

-----------------------------2021 -------------------------------------

ODJ de la visio du 17 sept 2021 : CR

  • Prochains thèmes discutés
  • journées du PEPI IBIS à Toulouse
  • Présentation Alexandre Cormier "assemblage hybride de génomes d'huitre"

ODJ de la visio du 12 mars 2021 : CR

Thème : transfert d'annotations structurales à partir d'un génome de référence : 2 présentations

  • Présentation par Hélène Rimbert d'un outil "Magatt" (développé par Hélène), application sur le blé
  • Présentation par Johann Joets d'un outil "Liftoff" (groupe de Salzberg), application sur le maïs

-----------------------------2020 -------------------------------------

ODJ de la visio du 27 nov 2020 : CR

  • Prochains thèmes de séminaires PEPIAnnot ?
  • Présentation par Claire Toffano-Nioche de la base de données RFAM

ODJ de la visio du 2 oct 2020 : CR

  • Discussion sur les séminaires à prévoir et fait-on quelque chose en semi-présentiel ?
  • Média/outils pour les Visios ?
  • Prochains thèmes possibles à aborder
  • Présentation par Aurélie Canaguier sur un projet de détection de variations structurales sur 2 écotypes d'A.th

-----------------------------2019 -------------------------------------

ODJ de la visio du 27 nov 2019 : CR

  • nouvelles/prochaines réunions/prochaine AG du PEPI
  • Présentation par Johann Joets de l'outil GROM pour la détection de variants génétiques

ODJ de la visio du 13 sept 2019 : CR

  • Définir les prochains thèmes à aborder
  • Présentation par Thomas Derrien de l'outil FEELnc pour annoter les ARN long non codants

ODJ de la visio du 11 avril 2019 : CR

  • Site web : modification pour que cette page soit accessible sans login INRA
  • Point sur les journées du PEPI IBIS le 6-7 juin 2019 à Paris
  • Présentation par Véronique "Etat de l'art" sur les motifs cibles des Facteurs de Transcription (TFBS)

ODJ de la visio du 21 janvier 2019 : CR

  • Rythme visio + site web
  • Annonce des journées du PEPI le 6-7 juin 2019 à Paris
  • Liste des différents sujets à traiter

-----------------------------2018 -------------------------------------

CR Journée thématique autour de l'annotation des génomes, le 15 novembre 2018, Lien vers les présentations de cette journée.

ODJ de la visio du 2 octobre 2018 : CR

  • Organisation de la journée présentielle annotation sur Paris le 15 nov 2018
  • Rythme visio + site web
  • Présentation de Martine sur smallRNA

ODJ de la visio du 14 juin 2018 : CR

  • Présentation de l'outil d'annotation Trinotate par Erwan
  • Organisation d'une journée annotation sur Paris fin le 15 nov 2018

ODJ de la visio du 10 avril 2018 : CR

  • Présentation de l'outil d'annotation TriAnnot par Philippe
  • Organisation d'une journée annotation sur Paris fin en oct/nov 2018
  • site web du PepiAnnot

ODJ de la visio du 6 février 2018 : CR

Janvier 2018 : 2 personnes se rajoutent au groupe : Mathieu CHARLES (Jouy - animal) et Hugo Devillers (Jouy - levure)

ODJ 1ère visio du 21 nov. 2017  : CR

  • rythme des réunions
  • projet/objectif du groupe
  • objets manipulés, espèces, interêts
  • Question diverses, prochaine visioconférence