Annotation de génomes

Pôle d'animation autour de l'Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

Groupe PepiAnnot

Objectif

Rassembler un groupe de travail/discussion autour de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes. Avoir des retour d'expériences sur des outils d'annotation, sans attendre un bentchmark mais plus une vision d'utilisateur, avantage, inconvénient pour répondre à une question.

Périmètre dépendra des acteurs du groupe : quel objet biologique on manipule ? organismes et types de molécule (gènes codants, smallRNA, ncRNA, éléments transposable et...)

Présentation du pôle

  • Création fin 2017 avec 11 personnes suite à l'AG de juin 2017
  • Suite aux différentes actions du PEPI-IBIS plusieurs personnes ont souhaité intégrer ce pôle et en 2022 le groupe PEPIAnnot contient une quarantaine de personnes.
  • Le mode de fonctionnement consiste en une visio tous les trimestres/semestres et une participation aux animations lors des journées du PEPI-IBIS.
  • Le but de cette visio est de présenter des outils bioinfo, faire un retour d'expérience sur leur utilisation ou d'échanger sur différentes problématiques bioinfo.
  • Le format est court 1h30 max, simple, en visio et et que les personnes puissent interagir en direct.
  • Un compte rendu des réunions est disponible et visible de tous sur ce site et les présentations accessibles sur la partie restreinte (connexion LDAP).

NEWS : 

En 2024 le PEPI-IBIS s'est rapproché du réseau métier MERIT, réseau équivalent coté CNRS, pour monter des actions communes. Dans ce contexte, le GT Annotation de MERIT participera aux actions/rencontres du PEPI-Annot 

Contact
Si vous souhaitez des informations complémentaires sur ce pôle ou intégrer ce pôle, vous pouvez contacter Véronique Brunaud, Martine Da-Rocha ou Jacques Lagnel qui animent ce groupe. Et merci à Philippe Leroy qui a animé ce groupe avec Véronique pendant 5 ans.

Réunions

Lien vers la partie restreinte au groupe

----------------------------- 2025 -------------------------------------

19 juin 2025 : prochaine visio

17 mars 2025, 1ère réunion commune MERIT-PEPI-Annot : CR (à ajouter)

Thème  Annotations structurales des génomes eucaryotes : « Peut mieux faire ! »

  • Véronique Brunaud (IPS2-GNet)  "Arabidopsis structural annotation is not perfect!" PDF
  • Sophie Lemoine (ENS-PFGénomique) "Structurale annotation of Eukaryote genomes: can do better !" PDF

----------------------------- 2024 -------------------------------------

Journées MERIT 6-8 nov

  • Une journée thématique (7nov) en lien avec PEPI-Annot sur "IA et Annotations"
  • Programme accessible ici

ODJ de la visio du 18 avril 2024 : CR

  • PEPI-Annot et GT annotation des génomes MERIT
  • Présentation  outil d'annotations Helixer par Alexandre Cormier (Ifremer)

----------------------------- 2023 -------------------------------------

ODJ de la visio du 8 décembre 2023 : CR

  • Animation du pôle, réflexions
  • Présentation InterproScan et eggNOG-mapper  Johann Joets (IDEEV) et Véronique Brunaud (IPS2)

Participation aux journées du PEPI IBIS 14-15 sept ISC Paris 

ODJ de la visio du 3 février 2023 : CR

  • Discussion futurs thèmes et organisation des journées PEPI IBIS
  • Présentation Véronique Brunaud (équipe Genomic Networks – IPS2 Paris-Saclay): web tools PLMview sur la détection d’éléments cis-régulateurs chez les plantes

----------------------------- 2022 -------------------------------------

Participation à l'animation de la journée du 28 novembre 

  • Sur l'annotation des génomes avec 2 nouveaux pôles Text-Mining et Intelligence Artificielle
  • Le programme et les présentations sont accessibles sur le site du PEPI-IBIS ici

ODJ de la visio du 17 mai 2022 :

  • Organisation conjointe de la journée PepiAnnot,TxtM,IA sur plusieurs sites
  • Véronique Brunaud : stratégie d'assemblage de transcriptome de novo via des long et short reads

ODJ de la visio du 15 fevrier 2022 : CR

  • Nathalie Choisne Annotation des éléments transposable via REPET V3 et ses nouvelles fonctionnalités
  • Djampa Kozlowki : développement d’un outil de post-processing de REPET, REP3T-pal

-----------------------------2021 -------------------------------------

ODJ de la visio du 17 sept 2021 : CR

  • Prochains thèmes discutés
  • journées du PEPI IBIS à Toulouse
  • Présentation Alexandre Cormier "assemblage hybride de génomes d'huitre"

ODJ de la visio du 12 mars 2021 : CR

Thème : transfert d'annotations structurales à partir d'un génome de référence : 2 présentations

  • Présentation par Hélène Rimbert d'un outil "Magatt" (développé par Hélène), application sur le blé
  • Présentation par Johann Joets d'un outil "Liftoff" (groupe de Salzberg), application sur le maïs

-----------------------------2020 -------------------------------------

ODJ de la visio du 27 nov 2020 : CR

  • Prochains thèmes de séminaires PEPIAnnot ?
  • Présentation par Claire Toffano-Nioche de la base de données RFAM

ODJ de la visio du 2 oct 2020 : CR

  • Discussion sur les séminaires à prévoir et fait-on quelque chose en semi-présentiel ?
  • Média/outils pour les Visios ?
  • Prochains thèmes possibles à aborder
  • Présentation par Aurélie Canaguier sur un projet de détection de variations structurales sur 2 écotypes d'A.th

-----------------------------2019 -------------------------------------

ODJ de la visio du 27 nov 2019 : CR

  • nouvelles/prochaines réunions/prochaine AG du PEPI
  • Présentation par Johann Joets de l'outil GROM pour la détection de variants génétiques

ODJ de la visio du 13 sept 2019 : CR

  • Définir les prochains thèmes à aborder
  • Présentation par Thomas Derrien de l'outil FEELnc pour annoter les ARN long non codants

ODJ de la visio du 11 avril 2019 : CR

  • Site web : modification pour que cette page soit accessible sans login INRA
  • Point sur les journées du PEPI IBIS le 6-7 juin 2019 à Paris
  • Présentation par Véronique "Etat de l'art" sur les motifs cibles des Facteurs de Transcription (TFBS)

ODJ de la visio du 21 janvier 2019 : CR

  • Rythme visio + site web
  • Annonce des journées du PEPI le 6-7 juin 2019 à Paris
  • Liste des différents sujets à traiter

-----------------------------2018 -------------------------------------

CR Journée thématique autour de l'annotation des génomes, le 15 novembre 2018, Lien vers les présentations de cette journée.

ODJ de la visio du 2 octobre 2018 : CR

  • Organisation de la journée présentielle annotation sur Paris le 15 nov 2018
  • Rythme visio + site web
  • Présentation de Martine sur smallRNA

ODJ de la visio du 14 juin 2018 : CR

  • Présentation de l'outil d'annotation Trinotate par Erwan
  • Organisation d'une journée annotation sur Paris fin le 15 nov 2018

ODJ de la visio du 10 avril 2018 : CR

  • Présentation de l'outil d'annotation TriAnnot par Philippe
  • Organisation d'une journée annotation sur Paris fin en oct/nov 2018
  • site web du PepiAnnot

ODJ de la visio du 6 février 2018 : CR

Janvier 2018 : 2 personnes se rajoutent au groupe : Mathieu CHARLES (Jouy - animal) et Hugo Devillers (Jouy - levure)

ODJ 1ère visio du 21 nov. 2017  : CR

  • rythme des réunions
  • projet/objectif du groupe
  • objets manipulés, espèces, interêts
  • Question diverses, prochaine visioconférence