Annotation de génomes

Pôle d'animation autour de l'Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

Groupe PepiAnnot

Objectif

Rassembler un groupe de travail/discussion autour de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes. Avoir des retour d'expériences sur des outils d'annotation, sans attendre un bentchmark mais plus une vision d'utilisateur, avantage, inconvénient pour répondre à une question.

Périmètre dépendra des acteurs du groupe : quel objet biologique on manipule ? organismes et types de molécule (gènes codants, smallRNA, ncRNA, éléments transposable et...)

Présentation du pôle

  • création fin 2017 avec 11 personnes suite à l'AG de juin 2017
  • Suite à la journée du pôle en nov 2018, une dizaine de personnes ont rejoint le groupe PEPIAnnot...Merci.
  • Donc en 2019 le pôle tourne avec 25 personnes environs.
  • une visio tous les trimestres, CR mis à disposition sur ce site

Contact
Si vous souhaitez des informations complémentaires sur ce pôle ou intégrer ce pôle, vous pouvez contacter Véronique Brunaud et Philippe Leroy.

Réunions

Lien vers la partie restreinte au groupe

-----------------------------2021 -------------------------------------

ODJ de la visio du 17 sept 2021 : CR

  • Prochains thèmes discutés
  • journées du PEPI IBIS à Toulouse
  • Présentation Alexandre Cormier "assemblage hybride de génomes d'huitre"

ODJ de la visio du 12 mars 2021 : CR

Thème : transfert d'annotations structurales à partir d'un génome de référence : 2 présentations

  • Présentation par Hélène Rimbert d'un outil "Magatt" (développé par Hélène), application sur le blé
  • Présentation par Johann Joets d'un outil "Liftoff" (groupe de Salzberg), application sur le maïs

-----------------------------2020 -------------------------------------

ODJ de la visio du 27 nov 2020 : CR

  • Prochains thèmes de séminaires PEPIAnnot ?
  • Présentation par Claire Toffano-Nioche de la base de données RFAM

ODJ de la visio du 2 oct 2020 : CR

  • Discussion sur les séminaires à prévoir et fait-on quelque chose en semi-présentiel ?
  • Média/outils pour les Visios ?
  • Prochains thèmes possibles à aborder
  • Présentation par Aurélie Canaguier sur un projet de détection de variations structurales sur 2 écotypes d'A.th

-----------------------------2019 -------------------------------------

ODJ de la visio du 27 nov 2019 : CR

  • nouvelles/prochaines réunions/prochaine AG du PEPI
  • Présentation par Johann Joets de l'outil GROM pour la détection de variants génétiques

ODJ de la visio du 13 sept 2019 : CR

  • Définir les prochains thèmes à aborder
  • Présentation par Thomas Derrien de l'outil FEELnc pour annoter les ARN long non codants

ODJ de la visio du 11 avril 2019 : CR

  • Site web : modification pour que cette page soit accessible sans login INRA
  • Point sur les journées du PEPI IBIS le 6-7 juin 2019 à Paris
  • Présentation par Véronique "Etat de l'art" sur les motifs cibles des Facteurs de Transcription (TFBS)

ODJ de la visio du 21 janvier 2019 : CR

  • Rythme visio + site web
  • Annonce des journées du PEPI le 6-7 juin 2019 à Paris
  • Liste des différents sujets à traiter

-----------------------------2018 -------------------------------------

CR Journée thématique autour de l'annotation des génomes, le 15 novembre 2018, Lien vers les présentations de cette journée.

ODJ de la visio du 2 octobre 2018 : CR

  • Organisation de la journée présentielle annotation sur Paris le 15 nov 2018
  • Rythme visio + site web
  • Présentation de Martine sur smallRNA

ODJ de la visio du 14 juin 2018 : CR

  • Présentation de l'outil d'annotation Trinotate par Erwan
  • Organisation d'une journée annotation sur Paris fin le 15 nov 2018

ODJ de la visio du 10 avril 2018 : CR

  • Présentation de l'outil d'annotation TriAnnot par Philippe
  • Organisation d'une journée annotation sur Paris fin en oct/nov 2018
  • site web du PepiAnnot

ODJ de la visio du 6 février 2018 : CR

Janvier 2018 : 2 personnes se rajoutent au groupe : Mathieu CHARLES (Jouy - animal) et Hugo Devillers (Jouy - levure)

ODJ 1ère visio du 21 nov. 2017  : CR

  • rythme des réunions
  • projet/objectif du groupe
  • objets manipulés, espèces, interêts
  • Question diverses, prochaine visioconférence