Programme
Mardi 16 novembre
14h - 14h30 : accueil
14h30 - 14h50 : présentation des journées et du PEPI IBIS
14h50 - 16h : session Assemblage
- Le kmer : couteau suisse de l'assemblage de génome - C. Klopp
- Assemblage de novo résolu au niveau des haplotypes du génome de Crassostrea gigas (huître creuse) - A. Cormier
16h - 16h30 : pause café
16h30 - 18h30 : session Métagénomique
- Agrégation d'inférences et clustering de réseaux microbiens sur des données de séquençage shotgun du microbiote intestinal humain - C. Champion
- Biogeographical patterns and determinism of soil fungal alpha-diversity in France - C. Djemiel
- MetaGWGS, a Nextflow workflow to analyze metagenomic data - C. Hoede
- A catalog of gut microbial genes in horses: compelling new clues to how microbiome can influence endurance performance - N. Mach
Mercredi 17 novembre
9h - 10h40 : session Intégration de données
- FORUM : building a knowledge graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases - C. Frainay
- Le data management au CIRM - J. Mineau
- Omnicrobe, a database which gathers comprehensive information on habitats, phenotypes, uses - S. Dérozier
10h40 - 11h : pause café
11h- 12h40 : session Intégration de données & Visualisation
- Méthodes statistiques pour l'intégration de données - S. Déjean
- Le portail Galaxy-SynBioCAD : outils et workflows d'automatisation pour la biologie synthétique et l'ingénierie métabolique - T. Duigou
- Visualisation des réseaux métaboliques avec MetExploreViz - J-C. Gallardo
12h40 - 14h15 : pause déjeuner (restaurant Astronaute)
14h15 - 16h30 : visite guidée d'1h et visite libre d'1h de la Cité de l'Espace
16h30 - 18h30 : session Impact carbone et environnemental & Actions d'animation
- Présentation du GDR labo 1.5 : focus sur GES 1point5 - J. Mariette
- Voyage d'un bioinformaticien au cœur de la 3ème révolution numérique - C. Guérin
- Actions inter-CATI - F. Legeai & S. Dérozier
Jeudi 18 novembre
9h - 10h30 : session Annotation
- Nouveau paradigme pour l'annotation des génomes - P. Leroy
- MAGATT, un outil de transfert d'annotation - H. Rimbert
- Transfert d'annotation entre génomes - J. Joets
10h30 - 11h : pause café
11h - 12h20 : session Annotation
- Identification et annotation des ARNnc : focus sur quelques familles d'ARNnc - C. Gaspin
- ICEscreen : outil d'aide à l'annotation des ICE et IME dans les génomes de Firmicutes - J. Lao
- Retour d'expérience sur l'épigénomique chez les bactéries - L. Legrand
12h20 - 12h30 : clôture